第六季开篇，警视厅宣布改革，特搜班因“破案率高但成本过高”被通知将于三个月后解散。班长国木田决定在解散前最后查清一个案子：一封1999年寄到警视厅的举报信，内容是某位现任国会议员在大学时期涉嫌协助一起女大学生失踪案。但由于当年技术不足，信件一直被搁置。第六季采用双线叙事：现代线由新加入的技术专员通过AI笔迹分析和地质雷达在旧校区停车场下发现了骸骨；过去线则通过闪回逐步拼出当年的真相。与此同时，特搜班内部出现分歧——老成员认为应该聚焦当前未破凶案而不是翻旧账，年轻警员则执意要揭开政界黑幕。第六季第七集时，一名老警察在整理仓库时中毒昏迷，案件正式涉及在世高官。最终特搜班赶在解散前48小时将证据链锁定，并在记者会上将材料直接提交给检察厅。
这一季比前五季更沉也更狠，政治惊悚成分加大但不失人情味。老队员之间的默契和即将别离的伤感渗透在每一个案件讨论的间隙中。结局不是大团圆而是成全式的告别，非常高级的收尾。
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