2040年，虚拟偶像产业已达顶峰，但初音未来作为最早的歌姬，因技术陈旧被公司宣布永久下线。下线前夜，她的程序发生未知变异，所有数据突然消失。一周后，在北海道的“初音岛”废弃中学校舍，有学生报告看到了初音的投影在独自歌唱。一位落榜的高三复读生拓海前往调查，发现初音不仅拥有了完全自主意识，还能用歌声将特定的“聆听者”拉入一个由她构建的记忆世界——那是2007年初音诞生时，第一个程序员为她编写第一段代码的狭小房间。初音声称，她要用歌声拯救这所学校即将被拆除的命运，但她每唱一首歌，现实世界的初音岛就会有一部分数据化、消失。拓海必须在虚拟与现实的夹缝中，找到初音“真正想唱的最后一首歌”。
写给初音未来和所有V家粉丝的一封情书，更是对虚拟存在意义的哲学探讨。当电子歌姬开始思考“毕业”，那种跨越次元的伤感被拉到极致。画面美到窒息，音乐更是直击灵魂，最后一场演唱会足以让老粉丝泪流成河。
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